El Magdalena tiene una longitud de 1.500 kilómetros, es el tercero en Colombia –después del Caquetá con 2.200 kilómetros y el putumayo con 1.800-, y en el mundo ocupa el 43. Se le suele dividir en tres grandes trayectos: el Alto Magdalena que va desde su nacimiento en el Páramo de la Papas en el Nariño hasta la ciudad colonial de Honda Tolima; El Magdalena Medio que va desde Honda hasta el Santander y el Bajo Magdalena que recorre desde el Santander hasta su desembocadura en al mar Atlántico en un punto conocido como Bocas de Ceniza en Barranquilla Atlántico.

Los primeros Europeos que vieron su desembocadura fueron Rodrigo de Bastidas y Juan de la Cosa el 1º de Abril de 1501fecha en la cual se celebra la conversión de María Magdalena y por tal razón se le puso el nombre de Río Grande de la Magdalena con el que se le conoce desde entonces

El También ha tenido otros nombres como los ha sido:

• Guacahayo que significa “Río de la Tumbas” para los indígenas que habitaban en la cercanía de Neiva.
• Yuma que significa “País Amigo” para los Chibchas.
• Arli que significa “Río del Pez o del Bocachico” para los antiguados pobladores de Antioquia y Santander.
• Caripuña que significa “Río Grande o Agua Grande” para los caribeños en vecindades de su desembocadura.